Les axes transversaux impliquent l'ensemble des groupes constitutifs du Cielam, « Cuerma », « 16-18 », « 19-21 » et « Transpositions ». Ils peuvent être créés pour un programme de recherche ponctuel, ou pour une durée plus longue, notamment dans le cadre de coopérations du Cielam avec d'autres laboratoires ou institution.
De 2011 à 2017, ces axes transversaux ont été :
- HILCEM, Histoire littéraire et culturelle en Méditerranée
- Patrimoine et édition de textes
- Diffusion du savoir
- Stytistique
Depuis 2018, ces axes sont :
- Du parchemin au numérique
- Mobilité interzone
- Critique et théorie
- Stylistique et création
